Με τη συμμετοχή και των ομάδων της Super League 2 έγινε η κλήρωση για την τρίτη και τέταρτη φάση του Κυπέλλου Ελλάδος. Τα ζευγάρια του Ηρακλή με την Νίκη Βόλου, της Καλαμάτας με την Προοοδευτική και του Αιγάλεω με τον Πανσερραϊκό είναι εκείνα που ξεχωρίζουν.
Στην κλήρωση δεν έλαβε μέρος η Ξάνθη, που απέσυρε τη συμμετοχή της από το πρωτάθλημα της δεύτερης κατηγορίας.
Αναλυτικά η κλήρωση
3η φάση
Προκρίνονται άνευ αγώνος
Α. Ο νικητής του αγώνα Παμβουπρασιακός-Πανελευσινιακός
Β. Ο νικητής του αγώνα Αστέρας Πετριτή-Απόλλων Παραλαμνίου
Γ. ΠΑΕ Θεσπρωτός Ηγουμενίτσας
Τα ζευγάρια
1. Τηλυκράτης Λευκάδας – ΠΑΕ ΟΦ Ιεράπετρας
2. ΠΑΟΚ Κρηστώνης – Πανθρακικός/ΠΟ Αλεξανδρούπολης
3. ΠΑΕ Βέροια – ΠΑΕ Κισσαμικός
4. ΠΑΕ ΠΟΤ Ηρακλής – ΠΑΕ Νίκη Βόλου
5. ΠΑΕ Μακεδονικός – ΠΑΕ Αναγέννηση Καρδίτσας
6. (Άρης Βούλας/Νέα Αρτάκη – Ναυπακτιακός Αστέρας) – ΠΑΕ Λάρισα
7. Αστήρ Σταυρού/Βατανιακός – ΠΑΕ Αλμωπός Αριδαίας
8. Βύρων Καβάλας/ΠΟ Φήκης Τρικάλων – ΠΑΕ Παναχαϊκή
9. ΠΑΕ Καλαμάτα – ΠΑΕ Προοδευτική Νεολαία
10. ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης – ΠΑΕ Κηφισιά
11. ΠΑΕ Διαγόρας – ΠΑΕ Απόλλων Πόντου
12. ΠΑΕ Αιγάλεω – ΠΑΕ Πανσερραϊκός
13. ΑΟ Αγίου Νικολάου – ΠΑΕ Επισκοπή
14. Αλμυρός/Απόλλων Ευπαλίου – ΑΕ Ποντίων Κοζάνης/Ελασσόνα
15. Ηλιούπολη/Ερμής Μελιγούς – ΠΑΕ Athens Kallithea FC
16. Ιωνικός Ιωνίας – ΑΕΡ Αφάντου/Διαγόρας Βραχνέικων
17. ΠΑΕ Απόλλων Λάρισας – ΠΑΕ Εργοτέλης
4η φάση
Τηλυκράτης/ΟΦ Ιεράπετρας – ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης/ΠΑΕ Κηφισιά
ΠΑΕ Θεσπρωτός Ηγουμενίτσας – ΠΑΕ Βέροια/ΠΑΕ Κισσαμικός
Μακεδονικός/ΠΑΕ Αναγέννηση Καρδίτσας – ΠΑΕ Διαγόρας/ΠΑΕ Απόλλων Πόντου
ΠΑΕ Απόλλων Λάρισας/ΠΑΕ Εργοτέλης – (Ηλιούπολη/Ερμής Μελιγούς -Καλλιθέα)
ΠΑΕ ΠΟΤ Ηρακλής/ΠΑΕ Νίκη Βόλου – ΑΟ Αγίου Νικολάου/ΠΑΕ Επισκοπή
(Αλμυρός/Απόλλων Ευπαλίου – ΑΕ Ποντίων Κοζάνης/Ελλασσόνα) – ΠΑΟΚ Κρηστώνης/ΠΟ Αλεξανδρούπολης
Προκρίνονται άνευ αγώνος
Βύρων Καβάλας/ΠΟ Φήκης – Παναχαϊκή
(Άρης Βούλας/Νέα Αρτάκη – Ναυπακτιακός Αστέρας) – ΠΑΕ Λάρισα
ΠΑΕ Αιγάλεω-Πανσερραϊκός
Ιωνικός Ιωνίας/ΑΕΡ Αφάντου -Διαγόρας Βραχνέικων
Παμβουπρασιακός – Πανελευσινιακός
ΠΑΕ Καλαμάτα-ΠΑΕ Προοδευτική Νεολαία
Αστέρας Πετριτή- Απόλλων Παραλιμνίου
Αστήρ Σταυρού/Βατανιακός – ΠΑΕ Αλμωπός Αριδαίας
