Την αντίδραση της Εκκλησίας της Ελλάδος πυροδότησε η απόφαση του Υπ. Οικονομικών για τον τριπλασιασμό του συντελεστή του ΕΤΑΚ για τα εμπορικά ακίνητα της Εκκλησίας, καθώς όπως επισήμανε η Διαρκής Ιερά Σύνοδος σε ανακοινωθέν της «δεν προβλέπεται ως έκτακτη εισφορά της Εκκλησίας, μόνον προκειμένου να καταβληθούν οι δύο δόσεις της έκτακτης ενίσχυσης κοινωνικής αλληλεγγύης σε ευπαθείς κοινωνικές ομάδες, αλλά ως πάγια αύξηση της φορολογίας της και για το μέλλον».
Υπενθυμίζεται ότι με το νομοσχέδιο που έχει ήδη δοθεί προς διαβούλευση και κατατίθεται τη Δευτέρα στη Βουλή προβλέπεται και φορολόγηση της ακίνητης περιουσίας της Εκκλησίας, που αξιοποιείται για εμπορικούς σκοπούς. Επιβάλλεται φόρος με συντελεστή 3 τοις χιλίοις από 1 τοις χιλίοις που προβλέπεται σήμερα και έναντι 6 τοις χιλίοις για τα νομικά πρόσωπα (ισχύον καθεστώς). Ετσι, κατά τη συνεδρίαση της Ιεράς Συνόδου αποφασίστηκε, μεταξύ άλλων, να συσταθεί τριμελής επιτροπή με τη συμμετοχή των Μητροπολιτών Ιωαννίνων, Ελασσόνος και Ναυπάκτου, προκειμένου να συναντηθεί με το οικονομικό επιτελείο της κυβέρνησης και να αποτρέψουν την εφαρμογή της απόφασης.
Η ΕΚΥΟ (Εκκλησιαστική Κεντρική Υπηρεσία Οικονομικών) κατέβαλλε το 2008 το ποσό των 700.000 ευρώ για την απόδοση του ΕΤΑΚ. Σύμφωνα με τον διευθυντή της ΕΚΥΟ, κ. Αντώνη Ζαμπέλη, την τελευταία διετία καταβάλλεται προσπάθεια για την ενίσχυση των εσόδων της Εκκλησίας από ενοίκια ακινήτων της, με αποτέλεσμα από τα 10 εκατ. ευρώ του 2007, αυτά να ανέλθουν σε 12,5 εκατ. ευρώ το 2008, με απώτερο στόχο να αγγίξουν τα 17 εκατ. ευρώ το 2011. Στόχος της Εκκλησίας είναι να βελτιωθεί η απόδοση των ακινήτων της, προκειμένου τα αυξημένα έσοδα να διοχετευτούν για κοινωφελή έργα και χρηματοδότηση των σχετικών δράσεων που αναλαμβάνει. Συνολικά, τα καθαρά έσοδα της Εκκλησίας το 2008 ανήλθαν περίπου στα 20 εκατομμύρια ευρώ.
Σημειώνεται ότι τα 800 ακίνητα που διαθέτει η Εκκλησία της Ελλάδος είναι κυρίως οικόπεδα και κτίρια γραφείων και βρίσκονται ως επί το πλείστον στα δύο μεγάλα αστικά κέντρα, Αθήνα και Θεσσαλονίκη. Συνολικά βέβαια, η εκκλησιαστική ακίνητη περιουσία είναι πολλαπλάσια, ωστόσο τα εν λόγω ακίνητα είναι ιδιοκτησία των κατά τόπους Ιερών Μονών, Ενοριών και Μητροπόλεων, που έχουν και την ευθύνη της διαχείρισής τους.
Τον τελευταίο χρόνο πάντως, η ΕΚΥΟ επιχειρεί να εφαρμόσει ένα συνολικό πρόγραμμα για την αξιοποίηση της ακίνητης περιουσίας της Εκκλησίας. Πέραν της διαδικασίας της αποτίμησης της εμπορικής αξίας των ακινήτων που βρίσκεται σε εξέλιξη, όσον αφορά τα οικόπεδα, έχουν ήδη εκπονηθεί και μελέτες για την αξιοποίηση ορισμένων μεμονωμένων εκτάσεων. Μάλιστα, έχουν προεπιλεγεί πέντε περιπτώσεις οικοπέδων σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη, μέρος των οποίων θα αξιοποιηθεί για φιλανθρωπικούς σκοπούς, ενώ οι υπόλοιπες θα παραχωρηθούν σε ιδιώτες, έπειτα από διαγωνισμό, με στόχο την εμπορική εκμετάλλευση. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι και το κτίριο του πρώην Υπ. Παιδείας στην οδό Μητροπόλεως, επιφάνειας 9.000 τ.μ. για την αξιοποίηση του οποίου βρίσκεται σε εξέλιξη σχετικός διαγωνισμός, με την ημερομηνία υποβολής προσφορών να λήγει στις 19 Νοεμβρίου.
Ωστόσο, μεγάλο μέρος των προσπαθειών εκμετάλλευσης της περιουσίας της Εκκλησίας «σκοντάφτει» στο γεγονός ότι αρκετά ακίνητα είναι δεσμευμένα από το Δημόσιο (κηρυγμένα απαλλοτριωτέα). Οπως σημειώνει η Ιερά Σύνοδος «ήδη από του έτους 2008 η Εκκλησία της Ελλάδος, οι Ιερές Μητροπόλεις, οι Ιερές Μονές και οι Ενορίες καταβάλλουν το ΕΤΑΚ, ακόμα και για ακίνητα, τα οποία έχουν δεσμευθεί με ρυμοτομικά βάρη και απαλλοτριώσεις, αλλά δεν έχουν καταβληθεί οι απαραίτητες αποζημιώσεις, οπότε παραμένουν στην κυριότητά τους, χωρίς να αποδίδουν κανένα μίσθωμα και χωρίς να είναι εφικτή η πώλησή τους στην πραγματική αξία τους. Ειδικά για την Εκκλησία της Ελλάδος, ποσοστό 60% των ακινήτων, για τα οποία καταβάλλει ΕΤΑΚ είναι δεσμευμένα, μολονότι εκδόθηκαν δεκάδες αμετάκλητες δικαστικές αποφάσεις, που διατάσσουν την αποδέσμευσή τους».
Τέτοια ακίνητα βρίσκονται π.χ. στη Λεωφ. Αλεξάνδρας (έναντι ΓΑΔΑ), για το οποίο υπάρχει σχέδιο δημιουργίας κτιρίου γραφείων, αλλά και στη Θεσσαλονίκη (οικόπεδο έναντι «Μακεδονία Παλλάς» και οικόπεδο επί της οδού Τσιμισκή), τα οποία, όπως αναφέρει ο κ. Ζαμπέλης, έχουν περιέλθει στην ιδιοκτησία της Εκκλησίας μέσω της ανταλλαγής που έγινε με το Δημόσιο το 1952, όταν η Εκκλησία παραχώρησε εκτάσεις για καλλιεργήσιμη γη.