Η μονάδα των αδιάφθορων θα λογοδοτεί απευθείας στον υπουργό Οικονομικών και έχει, σύμφωνα με το οργανόγραμμα, απώτερο σκοπό να συνεισφέρει στην εκπλήρωση της αποστολής του υπουργείου, καθώς και στην επίτευξη των στρατηγικών στόχων του, ενεργώντας πάντα προς χάρη του δημοσίου συμφέροντος, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του.