Η αποτυχία της δεύτερης πολιορκίας της Βιέννης, το 1683, κινητοποίησε ορισμένες ευρωπαϊκές δυνάμεις να πραγματοποιήσουν τον επόμενο χρόνο, μεγάλη αντεπίθεση εναντίον της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Η Αυτοκρατορία των Αψβούργων, η Πολωνία, η Βενετία και η Ρωσία συγκρότησαν την Ιερά Συμμαχία του Λιντς. Παρότι η συμμαχία είχε επιθετικό χαρακτήρα, τα μέλη της δεν συνέθεσαν κάποιο κοινό επιτελικό σχέδιο, με αποτέλεσμα κάθε χώρα να δρα στις ζώνες των δικών της ενδιαφερόντων. Η Βενετία δραστηριοποιήθηκε στη νότια Βαλκανική, η Ρωσία στην περιοχή του κάτω Δνείπερου, η Πολωνία στα εδάφη της σημερινής ανατολικής Ουκρανίας και η Αυστρία στα εδάφη της σημερινής Ουγγαρίας και της Κροατίας.
Η νέα βενετο-οθωμανική σύγκρουση υπήρξε η μοναδική μεταξύ τους αντιπαράθεση την οποία επιδίωξε και κέρδισε, με τη συνδρομή και άλλων δυνάμεων φυσικά, η Βενετία. Τον πρώτο χρόνο του πολέμου, ο αρχιστράτηγος των Βενετών, Φραντσέσκο Μοροζίνι, περιορίστηκε σε ελάσσονες επιχειρήσεις, από τις οποίες ξεχωρίζουν η κατάληψη της Λευκάδας και της Πρέβεζας τον Αύγουστο και τον Σεπτέμβριο του 1684 αντίστοιχα, καθώς και ορισμένες επιδρομές στην περιοχή της Καβάλας και της Κασσάνδρας στη Χαλκιδική. Το 1685, ο Μοροζίνι έθεσε σε εφαρμογή το καλά μελετημένο σχέδιο κατάληψης της Πελοποννήσου, το οποίο ολοκληρώθηκε μέσα σε τρία χρόνια.
Οι νικηφόρες επιχειρήσεις των Βενετών στη νότια Βαλκανική γιορτάστηκαν με μεγαλοπρέπεια στη Βενετία. Είχαν περάσει πολλά χρόνια από τότε που η Βενετία κυριαρχούσε στις θάλασσες της Ανατολικής Μεσογείου, δικαιώνοντας τον χαρακτηρισμό της ως Θαλασσοκράτειρας. Επιπλέον, δεν είχε περάσει μεγάλο χρονικό διάστημα από την απώλεια της Κρήτης το 1669, νησιού με μεγάλη σημασία για τη διεξαγωγή του εμπορίου των Βενετών.
Οι νίκες των Βενετών σκόρπισαν χαρά στους χριστιανούς της Πελοποννήσου, οι οποίοι έβλεπαν αρχικά με θετικό τρόπο την έλευση μιας χριστιανικής δύναμης στη χερσόνησο. Από την άλλη, προκάλεσε τον φόβο των μουσουλμάνων, οι οποίοι άρχισαν να εγκαταλείπουν την περιοχή. Οι Βενετοί επέκτειναν τις επιχειρήσεις τους και στη δυτική Στερεά, συνεργαζόμενοι πολλές φορές με ενόπλους της περιοχής, αρματολούς ή κλέφτες.
Μέσα στο 1687, ο Μοροζίνι έκρινε αναγκαία την επέκταση της βενετικής κατοχής στην Αττική, η οποία θα λειτουργούσε ως ανάχωμα σε ενδεχόμενη αντεπίθεση των Οθωμανών για την ανακατάληψη της Πελοποννήσου. Τον Σεπτέμβριο ο βενετικός στρατός διαπεραιώθηκε στον Πειραιά και στη συνέχεια πολιόρκησε την Ακρόπολη των Αθηνών, στην οποία είχε βρει καταφύγιο η οθωμανική φρουρά της πόλης. Αδυνατώντας να καταλάβουν με έφοδο την Ακρόπολη, οι Βενετοί επέλεξαν να βομβαρδίσουν τον ιερό βράχο.
Οι Οθωμανοί είχαν μετατρέψει τον Παρθενώνα σε πυριτιδαποθήκη, γεγονός που τον καθιστούσε ευάλωτο στους ανελέητους βομβαρδισμούς των Βενετών, οι οποίοι έδειχναν να μην ενδιαφέρονται για την ακεραιότητα του μνημείου. Το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου, μια βολή των Βενετών τρύπησε τη στέγη του Παρθενώνα και χτύπησε τα βαρέλια με την πυρίτιδα που βρίσκονταν στο εσωτερικό του. Μια ανάφλεξη στο σημείο προκάλεσε μεγάλη έκρηξη, η οποία διέλυσε μεγάλο μέρος του ναού.
Η οθωμανική φρουρά παραδόθηκε λίγες ημέρες μετά την καταστροφή του Παρθενώνα. Οι Βενετοί, όμως, δεν κατάφεραν να οργανώσουν την Αθήνα ως κτήση τους, αδυνατώντας να υποστηρίξουν στρατιωτικά την άμυνά της. Προχωρώντας βόρεια, οι Βενετοί επιχείρησαν να καταλάβουν τη Χαλκίδα. Ηττήθηκαν κάτω από τα τείχη της άλλοτε κτήσης τους, τον Οκτώβριο του 1688.
