Μετά την κατάληψή της από τα στρατεύματα του Αξονα, η Ελλάδα διαιρέθηκε σε τρεις ζώνες κατοχής. Οντας η δύναμη η οποία υπέταξε ουσιαστικά τις ελληνικές ένοπλες δυνάμεις, η Γερμανία έθεσε υπό τον έλεγχό της στρατηγικά σημεία της ελληνικής επικράτειας, όπως τα δύο μεγάλα αστικά κέντρα, την Αθήνα και τη Θεσσαλονίκη, τη Μακεδονία μεταξύ Αλιάκμονα και Στρυμόνα, το ανατολικό τμήμα του νομού Εβρου, το μεγαλύτερο μέρος της Κρήτης και ορισμένα νησιά του Αιγαίου. Η ιταλική ζώνη κατοχής περιελάμβανε τις περιοχές της Μακεδονίας στα δυτικά του Αλιάκμονα, την Ηπειρο, τα Επτάνησα, τις Κυκλάδες καθώς και την ανατολική Κρήτη.
Ικανοποιώντας τη μακρόχρονη επιθυμία της για εδαφική διέξοδο στο Αιγαίο, η Βουλγαρία έθεσε υπό την κατοχή της την Ανατολική Μακεδονία και το μεγαλύτερο μέρος της Θράκης. Σχετικά σύντομα εκδηλώθηκαν οι πρώτες ενέργειες αντίστασης, άλλοτε αυθόρμητες, όπως ήταν η απόκρυψη Βρετανών στρατιωτών που δεν είχαν προλάβει να εγκαταλείψουν το ελληνικό έδαφος, και άλλοτε οργανωμένες από διάφορες οργανώσεις. Σε ορισμένες περιπτώσεις την πρωτοβουλία για τη δημιουργία ομάδων αντίστασης έλαβε το Κομμουνιστικό Κόμμα. Στη Μακεδονία, ήδη από τα τέλη Μαΐου 1941 το Γραφείο Μακεδονίας-Θράκης του ΚΚΕ είχε αποφασίσει τη συγκρότηση της οργάνωσης «Φιλική Εταιρεία» και ένοπλων ομάδων υπό την ονομασία «Ιεροί Λόχοι». Λίγους μήνες αργότερα, στα τέλη του καλοκαιριού 1941, συγκροτήθηκαν οι οργανώσεις «Αθανάσιος Διάκος» στην περιοχή του Κιλκίς και «Οδυσσέας Ανδρούτσος» στην περιοχή της Νιγρίτας. Ηταν εμφανής η πρόθεση των ιδρυτών αυτών των οργανώσεων να συνδέσουν τον αντιστασιακό αγώνα με την Ελληνική Επανάσταση.
Στις 11 Οκτωβρίου οι Γερμανοί έκριναν ότι στα Ανω και Κάτω Κερδύλλια υπήρχε σημαντικός πυρήνας ανθρώπων που είτε ήταν αντάρτες είτε τροφοδοτούσαν τις αντιστασιακές οργανώσεις.
Μέσα στον Σεπτέμβριο εκείνου του έτους, τα μέλη της ομάδας «Οδυσσέας Ανδρούτσος» πραγματοποίησαν διάφορες ενέργειες εναντίον των σταθμών της γερμανικής χωροφυλακής στον νομό Σερρών. Οι γερμανικές αρχές δεν κατάφεραν σε πρώτη φάση να συλλάβουν τα άτομα που τις πραγματοποίησαν, αδυνατώντας να συλλέξουν επαρκή στοιχεία. Στις 11 Οκτωβρίου, όμως, οι Γερμανοί έκριναν ότι διέθεταν πλέον όσες αποδείξεις χρειάζονταν για να καταλάβουν ότι στα Ανω και Κάτω Κερδύλλια υπήρχε ένας σημαντικός πυρήνας ανθρώπων που είτε ήταν αντάρτες είτε τροφοδοτούσαν τους αντάρτες των αντιστασιακών οργανώσεων. Στις 12 Οκτωβρίου, Γερμανοί στρατιώτες ερεύνησαν τα δύο χωριά, ανέκριναν τους κατοίκους τους, εκτέλεσαν έναν πολίτη, συνέλαβαν μερικούς άλλους και έβαλαν φωτιά σε ορισμένα σπίτια ανταρτών. Φεύγοντας, ο επικεφαλής τους δήλωσε στους συγκεντρωμένους κατοίκους ότι θα έπρεπε να απέχουν από οποιαδήποτε πράξη αντίστασης κατά των γερμανικών αρχών, ειδάλλως θα εκτελούνταν όλοι οι άνδρες και θα πυρπολούνταν όλα τα σπίτια.
Η σφαγή των Κερδυλλίων υπήρξε μία από τις πρώτες ομαδικές εκτελέσεις των γερμανικών στρατευμάτων.
Τις επόμενες ημέρες, τα γερμανικά στρατεύματα πραγματοποίησαν επιδρομές σε χωριά του νομού Σερρών, εκτελώντας τέσσερις ανθρώπους και καταστρέφοντας δεκάδες οικίες. Το πρωί της 17ης Οκτωβρίου οι Γερμανοί στρατιώτες επέστρεψαν στα Ανω και Κάτω Κερδύλλια αιφνιδιάζοντας τους κατοίκους τους. Σχεδόν το σύνολο των κατοίκων τους συνελήφθη. Οι άρρενες κάτοικοι ηλικίας από 16 έως 60 ετών συγκεντρώθηκαν σε τοποθεσίες έξω από τα δύο χωριά. Περισσότεροι από 210 άνδρες των Κερδυλλίων εκτελέστηκαν από τις γερμανικές δυνάμεις εκείνη την ημέρα. Ελάχιστοι ήταν εκείνοι που αφέθηκαν ελεύθεροι, κυρίως ηλικιωμένοι, αφού πρώτα υποχρεώθηκαν να φροντίσουν για την ταφή των εκτελεσθέντων. Οι οικίες των κατοίκων των Κερδυλλίων πυρπολήθηκαν. Στις γυναίκες και στα παιδιά επετράπη να αποχωρήσουν και να μεταβούν σε γειτονικούς οικισμούς.
Η σφαγή των Κερδυλλίων υπήρξε μία από τις πρώτες ομαδικές εκτελέσεις των γερμανικών στρατευμάτων. Μετά τη λήξη του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, οι εναπομείναντες κάτοικοι των Ανω και Κάτω Κερδυλλίων ίδρυσαν τον οικισμό των Νέων Κερδυλλίων. Με προεδρικό διάταγμα του 1998, η κοινότητα των Νέων Κερδυλλίων χαρακτηρίστηκε μαρτυρική.
Επιμέλεια στήλης: Μυρτώ Κατσίγερα, Βασίλης Μηνακάκης, Αντιγόνη-Δέσποινα Ποιμενίδου, Αθανάσιος Συροπλάκης
