H Ιστορία τον κατέταξε στους μεγάλους των Ελλήνων διαφωτιστών, στα χρόνια πέριξ της Επανάστασης του ’21. Τεράστια (προς Θεού! όχι τρομακτική…) μορφή ο Θεόκλητος Φαρμακίδης. Λόγιος ιερωμένος με σπουδές στη Μεγάλη του Γένους Σχολή και στη Σχολή Κυδωνιών, διδάσκαλος του Γένους, φιλόσοφος, πολύγλωσσος, που κατά το πέρασμά του ως εφημέριος από τη Βιέννη συμμετείχε στην έκδοση του περιοδικού «Λόγιος Ερμής», πνευματικού τέκνου του Αδαμάντιου Κοραή. Μέλος της Φιλικής Εταιρείας, με το ξέσπασμα του Αγώνα βρέθηκε στο πλευρό του πρίγκιπα Δημητρίου Υψηλάντη, ενώ συμμετείχε στις δύο πρώτες Εθνοσυνελεύσεις.
Ηταν 1η Αυγούστου 1821. Στην Καλαμάτα εκδίδεται η πρώτη εφημερίδα στον ξεσηκωμένο τόπο, η «Σάλπιγξ Ελληνική». Η ιδέα ήταν του Υψηλάντη ο οποίος έφερε από την Τεργέστη ένα γέρικο, μάχιμο τυπογραφείο. Εκδότης, αρθρογράφος, επί της ύλης, κ.λπ. ανέλαβε ο Φαρμακίδης.
Γράφει στο πρώτο φύλλο: «…το γένος μη υπομένον τον βαρύν της τυραννίας ζυγόν απεφάσισεν υπό την προστασίαν της Θείας Προνοίας να πιάση τα όπλα (…) διά να αναλάβη την οποίαν απώλεσεν αυτονομίαν είναι αναγκαιοτάτη εφημερίς εις την Ελλάδα εκδιδομένη».
Στο δεύτερο φύλλο (5/8) δημοσιεύεται έκκληση του Δημητρίου Υψηλάντη προς τους κατοίκους Λιβαδειάς για ομόνοια, πολεμική εγρήγορση και παραινέσεις να μην κακοποιούνται άοπλοι εχθροί. Στο τρίτο και τελευταίο φύλλο (20/8) καταχωρίστηκε η έκκληση της Μεσσηνιακής Συγκλήτου και του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη προς τις Αυλές της Ευρώπης: «Ξεσηκωθήκαμε για την ελευθερία μας» – πράξτε τα δέοντα, το εξαγώγιμο σημαινόμενο. Η σύγκρουση του οραματιστή πρίγκιπα με τον αδούλωτο ιερωμένο για το ποιος θα έχει τον ηγετικό λόγο έθεσε τέλος στο πολύτιμο έντυπο εγχείρημα. Η «Σάλπιγξ» σιώπησε. Ηταν κι αυτό ένα πρώιμο ψήγμα της δολερής διχόνοιας και του επερχόμενου εμφυλίου εν μέσω ξεσηκωμού.
Από θαύμα, τα τρία φύλλα σώθηκαν και φυλάσσονται στη Βιβλιοθήκη της Βουλής.
Χρόνια αργότερα, ο υποστηρικτής του «αγγλικού κόμματος» Φαρμακίδης φυλακίστηκε επί Καποδίστρια ως σφοδρός επικριτής του Κυβερνήτη. Επί Οθωνος ήταν ο ιθύνων νους του Διατάγματος με το οποίο κηρύχθηκε κατόπιν το αυτοκέφαλο της Ελλαδικής Εκκλησίας, δεχόμενος σκληρή πολεμική από το βαθύ ιερατείο. Διορίστηκε ωστόσο γραμματέας της Ιεράς Συνόδου έχοντας την αιρετική για την εποχή άποψη ότι η Αγία Γραφή έπρεπε να μεταγραφεί, ώστε να γίνεται κατανοητή από τους αμόρφωτους πιστούς (την πλειονότητα των λαϊκών στρωμάτων δηλαδή).
Ο Φαρμακίδης επέλεξε ασυζητητί την οδό της ένδειας, στηρίζοντας πένητες. Οταν του προσφέρθηκε ως αναγνώριση των υπηρεσιών του στο έθνος ο «Μεγαλόσταυρος του Σωτήρος» αρνήθηκε να τον παραλάβει. «Εάν τι καλόν έπραξα, το εμόν καθήκον εξετέλεσα. Ικανή δε μοι έσεται αμοιβή η συνείδησις, ότι εξεπλήρωσα τούτο». Εσπευσαν διάφοροι να τον κατηγορήσουν για περιφρόνηση των τιμών και για (υπάρχει και θεόσταλτη;) οίηση.
