Τροποποιήσεις στην εξέλιξη του έργου της υπογειοποίησης του σιδηροδρομικού δικτύου στα Σεπόλια έχει επιφέρει η αλλαγή στην αρχική μελέτη του έργου. Το βασικό πρόβλημα, που οδήγησε στη διαφοροποίηση της περιβαλλοντικής μελέτης, η οποία έπρεπε να εγκριθεί εκ νέου, αφορά τη διέλευση της διπλής σήραγγας πάνω από τον κεντρικό αποχετευτικό αγωγό της ΕΥΔΑΠ. Η διάνοιξη της σιδηροδρομικής σήραγγας πάνω από τον αγωγό απαιτεί «χειρουργικές» κινήσεις προκειμένου αυτός να παραμείνει άθικτος και ταυτόχρονα να πληρούνται όλες οι προδιαγραφές ασφάλειας της υπό κατασκευήν σήραγγας. Αποτέλεσμα της νέας περιβαλλοντικής μελέτης ήταν η καθυστέρηση στην έναρξη εργασιών διάνοιξης της σήραγγας. Σημειώνεται ότι απαιτήθηκαν ειδικά μηχανήματα (υδροφρέζες) που περιορίζουν τον θόρυβο κατά τη διάρκεια των εργασιών καθώς αυτές εκτελούνται σε ένα πυκνοκατοικημένο αστικό περιβάλλον.
Στο μεταξύ, καθυστερήσεις σημειώθηκαν και λόγω των μέτρων περιορισμού των μετακινήσεων όπου το φαινόμενο των δυσχερειών προμήθειας υλικών ήταν εκτεταμένο.
Η σιδηροδρομική σήραγγα Σεπολίων αποτελείται από δύο ξεχωριστές σήραγγες με την καθεμιά να διαθέτει δύο γραμμές. Συνολικά, οι 4 γραμμές κατασκευάζονται για να εξυπηρετούν επαρκώς τα υπεραστικά και τα προαστιακά τρένα με κατεύθυνση από/προς Αθήνα και Πειραιά. Ηδη από το 2020 σε λειτουργία παραμένει μόνο μία γραμμή, μέσω της οποίας εξυπηρετείται το σύνολο της σιδηροδρομικής κίνησης. Στόχος παραμένει το έργο να ολοκληρωθεί σταδιακά μέχρι το 2024. Για την τήρηση του χρονοδιαγράμματος προϋπόθεση είναι η παράδοση της πρώτης σήραγγας στο τέλος του 2023, γεγονός που παραμένει εφικτό με τα έως τώρα δεδομένα. Με την παράδοση της πρώτης σήραγγας θα μπορούν οι συρμοί να κινούνται σε δύο γραμμές, ενισχύοντας τη συγκοινωνιακή ικανότητα του σιδηροδρομικού δικτύου της Αττικής.
Σε εξέλιξη βρίσκονται οι εκσκαφές με τη μέθοδο cover and cut (τοποθετείται πλάκα οροφής της σήραγγας και στη συνέχεια γίνεται η υπόγεια διάνοιξη) προκειμένου να διασφαλιστεί η μικρότερη δυνατή όχληση.
Η ολοκλήρωση του έργου θα αλλάξει ριζικά το τοπίο της περιοχής, καθώς πέραν της βελτίωσης της σιδηροδρομικής εξυπηρέτησης, περιλαμβάνει την ανάπλαση της επιφάνειας όπου βρίσκονται οι παλαιές σιδηροδρομικές γραμμές. Η σύμβαση του έργου προβλέπει τη δημιουργία ενός γραμμικού πάρκου με ποδηλατόδρομο, χώρους αναψυχής κ.ά. Μόλις τεθεί σε λειτουργία η σιδηροδρομική σήραγγα Σεπολίων θα ενισχυθεί σημαντικά τόσο η οδική όσο και η σιδηροδρομική ασφάλεια στο συγκεκριμένο σημείο.
